Nació en la Ciudad de México el 18 de enero de 1965. Estudió en el Centro de Capacitación Cinematográfica (CCC), donde obtuvo en 1987 el honor Cum Laude en su examen profesional. Su tesis profesional México, ciudad amiga fue nominada al Ariel de Plata en 1988, como Mejor Cortometraje de Ficción.

Asistió a los directores: Luis Estrada en Bandidos (1990); Carlos García Agraz en Mi querido Tom Mix (1990); Felipe Cazals en Kino (1992); y Paul Leduc en Dollar mambo (1992), entre otros. En 1994 participó en el Segundo Taller de Reescritura de Guion del IMCINE (Instituto Mexicano de Cinematografía) con el guionista Syd Field, y en el Primer Taller de Guión IMCINE-Televicine en 1995 con la maestra Lida Seager.

Concluyó el rodaje de la película dirigida por Salvador Aguirre De ida y vuelta, realizada como parte del programa Ópera Prima que cada año impulsa el Centro de Capacitación Cinematográfica (CCC). Al ser un proyecto de escuela —dijo Aguirre— tendremos la oportunidad de mover el filme en festivales universitarios y de competencia, de tal modo que podremos tener una mayor participación. Esperamos que el primero sea el de San Sebastián. (Terminan de rodar filme impulsado por el Centro de Capacitación Cinematográfica. El Heraldo. Sección D, 20 de abril de 1998. P. 3)

Realizó varios cortometrajes como director y guionista: México, ciudad amiga (1987); Un arreglo civilizado para el divorcio (producido por IMCINE en 1992), que ganó el Jaguar de Plata en el Festival de Cancún en 1993 y fue seleccionado oficialmente en los festivales de: Huesca, Huelva,

Edimburgo, La Habana, Viña del Mar. El enemigo (1983) obtuvo el Primer lugar en el Concurso de Cine Super 8, en Zacatecas.

En los primeros años del nuevo milenio, Salvador Aguirre continuó cosechando éxitos en la escena cinematográfica. En 2002 codirigió el cortometraje De Mesmer con amor o Té para dos junto a Alejandro Lubezki. Este trabajo fue aclamado en el Festival de Cannes, donde se llevó el Grand Prix de Cortometraje y el Petit Rail d'Or en la XLI Semana Internacional de la Crítica.

Ese mismo año, Aguirre participó en el Taller de escritura para cine del IMCINE con el proyecto Obsidiana. En 2004 y 2006 escribió y dirigió los cortometrajes Algún día… Algún día y En penales, respectivamente, para Línea de 3, transmitidos por TV Azteca durante las Olimpiadas de Atenas y el Mundial de Fútbol de Alemania. En el año 2007 dirigió Fusiona2, un programa de fusión musical transmitido en América Latina por Sony Entertainment Televisión.

Durante su membresía en el Sistema Nacional de Creadores de Arte de 2004 a 2007, Aguirre desarrolló el guion del largometraje Tres piezas de amor en un fin de semana. Este proyecto lo llevó a dirigir y coproducir la película en 2008. Al año siguiente, Salvador Aguirre dirigió algunos episodios de programas televisivos como A cada quien su santo en TV Azteca y Desafío en el Estado de México.