Guionista de televisión y cine, poeta, traductora y ensayista. Nació en 1955 en la Ciudad de México. Estudió Filosofía en la Universidad Nacional Autónoma de México. Cursó diversos talleres de guionismo y dramaturgia con escritores como Gabriel García Márquez, Hugo Argüelles y Syd Field.

Ha realizado los guiones de varias telenovelas en colaboración con su madre, Fernanda Villeli (La pluma prodigiosa de Televisa), entre ellas: La antorcha encendida (a partir del libro de Enrique Krauze), El diario de Daniela (1998), La casa de la playa (2000) y El derecho de nacer (2001). Para esta última, Doña Fernanda dijo que pidió el apoyo de la escritora de cine Marcela Fuentes Berain porque a sus 80 años está un poco desconectada de la forma de hablar de los jóvenes, en tanto que Marcela conoce muy bien la forma en que se expresa hoy la gente de todas las edades (http://www.poresto.net/hoy/anterior/jul25/atico.htm).

Ha publicado los libros de poesía Ciudad y otras estaciones (UAM, 1981) y Hotel Zafiro (UNAM, 1993) y sus poemas han sido incluidos en diversas antologías. Colabora en revistas y suplementos culturales como ensayista y traductora. Escribió el libreto de la ópera Florencia en el Amazonas del compositor Daniel Catán, la cual fue estrenada en la Houston Grand Opera, en 1996; posteriormente, fue presentada en Los Ángeles (1997) y Seatle (1998).

En cine escribió, junto a Gabriel García Márquez, el guiOn de Las esposas felices se suicidan a las seis (1994, mediometraje aún sin producir). Con José Agustín y Paz Alicia Garcíadiego creó el guión del episodio Música que sale de las grietas, de Ciudad de Ciegos (Dir. Alberto Cortés, 1990) y escribió el tratamiento original y el guiOn de Hasta Morir (Dir. Fernando Sariñana, 1993).

Sobre el guiOn de esta última, Blanche Petrich resaltó que lo su logro es reflexionar a fondo, elaborar honestamente nuestra verdadera identidad de mexicanos tercermundistas que eso es lo que somos, analizar, abordar la raíz. Y documentarla. Desde el periodismo y desde la ficción. [...] Este es el terreno desafiante que Marcela Fuentes eligió para encauzar su talento literario y crear una pieza de un género que la hace vibrar como pocos: el drama psicológico. [...] Nos deja deshechos, anonadados, sentados toda la tarde en un vagón de tren inútil, en un escenario de rieles oxidados. Repensando las vidas de El Boy [uno de los protagonistas de la película], que seguro caerá en un Reclusorio o un Cereso una y muchas veces después. Repensando nuestra otra realidad, esa que no nos gusta ver (Hasta morir, el guión. Por Blanche Petrich. La Jornada, sección cultura, 1 de diciembre de 1995. P. 32).

La escritora Laura Esquivel comentó: Es muy poco común encontrar en el cine mexicano un guión construido con tanto esmero en el manejo de las situaciones, el diseño de los personajes y la resolución del conflicto en imágenes. Marcela Fuentes Berain ha sabido sostener su estructura dramática con un rigor notable, sus parlamentos revelan una escrupulosa exploración realista —que bien nos habla de su pluma— y el desarrollo de la acción y los personajes respaldan a una dramaturga madura, eficaz y sensible: atributos tan necesarios en nuestra industria cinematográfica (Prólogo de: Hasta morir [Guión Cinematográfico] de Marcela Fuentes Berain. Por Laura Esquivel. México. Ediciones El milagro / IMCINE. 1995 PP. 115)

En el año 2001, contribuyó al guion de la serie El Derecho de Nacer, interpretada por Kate del Castillo y Diana Bracho.

Posteriormente, en 2020 su carrera dio un giro con la película El Club de los Idealistas, donde se desempeñó como guionista, pero fue su colaboración en la ópera Florencia en el Amazonas lo que realmente la catapultó hacia la prominencia internacional. Inspirada en el realismo mágico del aclamado escritor colombiano Gabriel García Márquez, esta ópera, con música de Daniel Catán y libreto de Marcela Fuentes-Berain, se presentó por primera vez en español en el escenario del Metropolitan Opera (Met) de Nueva York en noviembre de 2023.

Marcela no sólo adaptó la obra de García Márquez, sino que también incorporó elementos que honraban la libertad de las mujeres y la complejidad de las relaciones humanas, convirtiéndola en un homenaje a la obra del autor colombiano y a la fuerza femenina.